随着iPad Pro的推出，苹果也为iOS的App Store进行了更新，推出了专门为iPad Pro而设的应用专区：“iPad Pro精彩App”和“iPad Pro精品游戏”。
这两个专区的应用均已经针对iPad Pro的特性进行优化，“iPad Pro精彩App”展示了为iPad Pro进行优化的非游戏类应用，在这个专区下App Store又将应用分为几个版块，包括了“为Apple Pencil优化”、“桌面级App”、“强大的多任务功能”、“挥洒创意”、“更大屏，更有可为”和“拟真体验”。我们比较熟悉的应用有苹果自家的iWork套件、微软的Office套件和印象笔记等。
“iPad Pro精品游戏”则推荐了一些针对iPad Pro而优化的游戏，并推出了3个版块，分别为“惊讶游戏”、“卓越音效”和“大屏幕，大乐趣”。其中我们比较熟悉的游戏有炉石传说、Smash Hit和虚荣等。
上述的应用和游戏都利用iPad Pro的特性进行了优化，例如12.9英寸的大屏幕，4扬声器的设计，强大的多任务处理能力等特性。